Quienes se oponen a los alimentos genéticamente modificados involucran a una amplia gama de grupos de interés, desde Greenpeace hasta asociaciones de agricultores y iglesias cristianas, etc. Su oposición se concentra en tres áreas:
En primer lugar, la modificación genética va en contra de la naturaleza y, por lo tanto, es perjudicial. Los partidarios replican que los cultivos actuales ya no son variedades primitivas, de lo contrario las verduras que la gente come deben ser las mismas que la hierba que comen los animales.
En segundo lugar, después de que los genes con resistencia al herbicida o funciones tóxicas de matar plagas se introducen en las plantas, ¿son los alimentos que proporcionan seguros para los seres humanos? En respuesta a este punto, los partidarios enfatizaron que hasta ahora, ninguna institucion de investigación calificada ha encontrado evidencia de que los alimentos genéticamente modificados dañen la salud humana, pero su impacto a largo plazo sólo puede ser inferido, y es difícil obtener pruebas exhaustivas para convencer a la gente.
En tercer lugar, ¿es posible que la promoción de plantas modificadas genéticamente afecte demasiado apresuradamente a la agricultura y al medio ambiente ecológico? La promoción de cultivos genéticamente modificados resistentes a los herbicidas puede alentar a los agricultores a abusar de los herbicidas, causando que algunos cultivos no principales se dañen o incluso se extingan. Muchos agricultores de los países en desarrollo han estado utilizando cultivos no principales como alimentos suplementarios o como piensos. La Administración de Pesca y Vida Silvestre de estados Unidos ha descubierto que 74 especies de plantas están afectadas por herbicidas y están en peligro de extinción.