La tecnología de electroforesis de gel bidimensional y la tecnología de espectrometría de masas son actualmente los métodos más utilizados para estudiar la proteómica. La tecnología de electroforesis de gel bidimensional utiliza el punto isoeléctrico proteico y la diferencia de peso molecular para distinguir varias proteínas. Aunque es difícil distinguir las proteínas de baja abundancia por electroforesis de gel bidimensional, tiene mayores requisitos para el funcionamiento, pero su alto rendimiento, buena resolución y reproducibilidad, y sus características de ser combinado con espectrometría de masas lo convierten en los métodos de investigación proteómicos más populares y confiables. La tecnología de electroforesis en gel bidimensional y los procedimientos de investigación proteómica basados en espectrometría de masas son la preparación de muestras→enfoqueisoeléctrico→polyacrilamida gel electroforesis→gel staining→digging protein spots of interest→in-gel digestion→mass spectrometry analysis para determinar péptidos Fingerprint o secuencia parcial de aminoácidos→utilice la base de datos para determinar la proteína. La investigación proteómica requiere separación de proteínas de alta resolución y técnicas precisas y sensibles de identificación de espectrometría de masas. La coloración de las proteínas en la electroforesis de gel no sólo afecta a la resolución de la separación de proteínas, sino que también afecta a la identificación posterior de espectrometría de masas. La tinción de proteínas se puede dividir en cuatro categorías: tinción de reactivo orgánico, tinción de plata, tinción fluorescente y coloración de isótopos.
Unlu et al. propusieron un método de análisis proteómico cuantitativo de pantalla diferencial de fluorescencia bidimensional (F-2D-DIGE). La electroforesis diferencial de gel (DIGE) es una mejora técnica de 2-DE. Combina el método de análisis múltiple de fluorescencia. Separa múltiples muestras etiquetadas con diferentes fluorescencias en el mismo gel e introduce el concepto interno El subyacente. Las proteínas de las dos muestras se mezclan con diferentes etiquetas fluorescentes para realizar 2-DE para detectar la expresión de la proteína en las dos muestras, lo que mejora en gran medida la precisión, fiabilidad y repetibilidad de los resultados. En la tecnología DIGE, cada punto proteico tiene su propio estándar interno, y el software puede calibrar automáticamente su expresión de acuerdo con el estándar interno de cada punto proteico para asegurar que los cambios detectados en la abundancia de proteínas sean ciertos. La tecnología DIGE se ha aplicado en varias muestras.