El sistema de auto purificación se refiere a un sistema que tiene un cierto grado de auto purificación y capacidad de absorción de contaminantes ambientales. Es un complejo agroecológico en el que los contaminantes ambientales se auto purifican bajo la premisa de no exceder la capacidad ambiental a través de los efectos físicos, químicos y biológicos de los suelos agrícolas, plantas y microorganismos.
