Quienes se oponen a los alimentos modificados genéticamente involucran a una amplia gama de grupos de interés, desde Greenpeace hasta los agricultores' asociaciones a iglesias cristianas, etc. Su oposición se concentra en tres áreas:
Primero, la modificación genética es contra natura y por lo tanto dañina. Los partidarios replicaron que hoy los cultivos de&ya no son variedades primitivas, de lo contrario, las verduras que comen las personas deberían ser las mismas que la hierba que comen los animales.
En segundo lugar, una vez que se introducen en las plantas genes con resistencia a herbicidas o funciones tóxicas para matar plagas, ¿el alimento que proporcionan es seguro para los seres humanos? En respuesta a esto, los partidarios enfatizaron que hasta ahora, ninguna institución de investigación calificada ha encontrado evidencia de que los alimentos modificados genéticamente dañen la salud humana, pero su impacto a largo plazo solo se puede inferir, y es difícil obtener evidencia integral para convencer a la gente.
En tercer lugar, ¿es posible que la promoción de plantas modificadas genéticamente afecte demasiado a la agricultura y al medio ambiente ecológico? La promoción de cultivos genéticamente modificados que son resistentes a herbicidas puede alentar a los agricultores a abusar de los herbicidas, dañando o incluso extinguiendo algunos cultivos no principales. Muchos agricultores de los países en desarrollo han estado utilizando cultivos no principales como alimento complementario o como pienso. La Administración de Pesca y Vida Silvestre de EE. UU. Ha descubierto que 74 especies de plantas están en peligro por los efectos de los herbicidas.