El microscopio de fluorescencia y el microscopio ordinario tienen las siguientes diferencias
1. El método de iluminación suele ser epi-iluminación, es decir, la fuente de luz se proyecta sobre la muestra a través de la lente del objetivo;
2. La fuente de luz es luz ultravioleta, la longitud de onda es más corta y la resolución es más alta que la de los microscopios ordinarios;
3. Hay dos filtros especiales. El que está frente a la fuente de luz se usa para filtrar la luz visible, y el que está entre el ocular y la lente del objetivo se usa para filtrar los rayos ultravioleta para proteger los ojos humanos.