Hay dos aspectos principales, uno es la proteómica estructural, y el otro es la proteómica funcional. Sus fronteras de investigación se dividen aproximadamente en tres áreas:
(1) Establecer el proteoma o subproteoma y su grupo de vinculación proteoma para organismos o células tisulares relacionadas con el genoma o la base de datos de transcriptomas, es decir, proteómica constitutiva.
(2) Realizar proteómica local o proteómica comparativa de importantes sistemas o procesos fisiológicos y patológicos para procesos importantes de la vida o enfermedades humanas importantes.
(3) Estudiar la interacción entre proteínas a través de una variedad de tecnologías avanzadas y mapear las proteínas de un determinado sistema, es decir, la proteómica interactiva, también conocida como proteómica del "atlas celular".
Además, con la profundización de la investigación proteómica, han surgido algunas nuevas direcciones de investigación, como la proteómica subcelular y la proteómica cuantitativa. La proteómica es un importante método de investigación de biología de sistemas.